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システム監査計画で設定した監査項目や手続きに従い、具体的な調査・分析・検討を行う。インタビューによる聞き取り、現場の調査、文書や記録などの資料の入手と照合、質問票による調査などを行い、知り得た情報を「監査証拠」として保全する。